Misi Sekretariat Daerah Kota Batam :

1. Mewujudkan tata kelola Pemerintahan yang baik (Good Government).
2. Mewujudkan penyelenggaraan Administrasi Penatausahaan Keuangan dan Barang Milik Daerah yang Akuntabel.
3. Mewujudkan pembangunan partisipatif dan peran nyata Pemerintah di bidang Keagamaan, Sosial, Perekonomian dan kemasyarakatan.
4. Mewujudkan Penyelenggaraan Pembangunan secara efektif dan efesien melalui peningkatkan fungsi pengawasan dan pengendalian serta evaluasi dan peloporan administrasi pembangunan.
5. Mewujudkan Pelayanan Prima dan mengayomi melalui Peningkatkan kualitas dan Kapalitas Sumber Daya Aparatur dan Sarana/Prasarana Perkantoran.